迷你西游的副本系统包含多种特殊机制，其中荡妖副本是获取功德值的重要途径。该副本分为普通和精英两种模式，通关东海湾后解锁，玩家每天可免费开启一次，后续需消耗30元宝。副本界面采用拼图式设计，需逐步点亮方格探索，部分方格标记骷髅头像代表BOSS战。完成整个妖窟探索后，背景会形成完整画面，同时获得功德值用于功德殿兑换资源。这种探索机制结合了随机性与策略性，要求玩家合理规划探索路线。
五行塔副本采用分层挑战模式，共五层结构，每层怪物难度递增。玩家需逐层攻克，高层副本会掉落更优质的装备与道具。光明顶副本则聚焦BOSS战设计，击败特定BOSS可直接获取极品装备，但BOSS拥有独特的技能组合，需针对性调整阵容。九幽阎罗副本引入了机关陷阱元素，玩家需在战斗同时规避地图上的九幽地狱机关，逃脱后才能领取奖励。这类副本对走位与时机把握有较高要求。
特殊副本如天机阁和龙脉神殿强调解谜玩法。天机阁需要破解机关并解答谜题才能获取宝藏，谜题内容涉及游戏内数值计算或剧情线索。龙脉神殿则设置宫殿守卫系统，玩家必须击败特定守卫才能开启宝箱，守卫拥有属性相克机制。寒冰洞与不死魔窟采用环境特效，前者附加冰冻状态影响出手顺序，后者会周期性召唤邪恶生物增援，考验队伍的持续作战能力。
试炼副本设有星级挑战机制，普通副本通过后可通过达成额外条件获取更高星级。精英副本每日限制挑战次数，重置需消耗道具。秘境探险作为资源型副本，消耗寻宝券进行，产出金钥匙、英雄碎片等稀有道具，但怪物强度与体力消耗成正比。魔王山副本强制要求组队协作，需匹配不同职业玩家对抗特殊机制的魔王，胜利后可获得限定称号。
时空裂隙和仙魔之战属于高难度副本，前者采用动态难度系统，根据玩家战力自动调整怪物属性；后者融合PVE与PVP机制，需在对抗NPC同时防范其他玩家干扰。活动副本如节日限定本会掉落特殊时装和称号，但存在开放时间限制。所有副本均遵循属性克制规则，部分副本会禁用特定种族的护法，需提前调整阵容策略。
